王清任是清代一位非常有影响力的医家，他的代表作《医林改错》是一部具有划时代意义的医学巨著。在这本书里，他大胆创新，自创三十多首方剂，其中有二十多首都是以活血化瘀为主。尤其是六个“逐瘀汤”和“补阳还五汤”“癫狂梦醒汤”等方剂，不仅在当时医界引起轰动，直到今天仍被广泛应用。
很多现代的临床研究也不断验证这些方子的有效性，可以说，王清任在活血化瘀理论上的贡献，为后世中医提供了坚实的基础。
王清任之所以能在活血化瘀方面有如此深刻的见解，是因为他把“气血”理论作为根本。
《黄帝内经·调经论》说：“人之所有者，血与气耳。血气不和，百病乃变化而生。”意思是说，气血是维持生命活动的根本，一旦气血失调，百病丛生。王清任继承并发展了这一思想，认为无论外感还是内伤，真正受损的都是气血。他提出“治病之要决，在于明白气血”，主张气行则血行，气滞则血瘀，只有气血通畅，疾病才能根除。
因此，他治疗疾病的总原则就是“活血化瘀”，这与《内经》里“疏其气血，令其条达而致和平”的思想是一脉相承的。
在用药方面，王清任的方剂非常讲究，尤其注重“活血而不破血”。
他最常用的活血化瘀药有五种：桃仁、红花、当归、赤芍、川芎。
桃仁、红花能够活血通经、去瘀生新；赤芍既能活血散瘀，又能止血而不留瘀；川芎能行气活血，上达头顶，下通血海，是“血中之气药”；而当归既能补血又能活血，能通能补，平衡阴阳。从中可以看出，他选择的药物既有活血之功，又不伤正气，兼顾治疗与调养。其他药物如乳香、没药、五灵脂、延胡索等，也会根据不同病情灵活加入，使方剂更具针对性。
王清任还特别重视“行气以活血”。他认为气为血之帅，气滞则血瘀，只有把气机调畅，血脉才能通利。他提出要根据瘀血所在的部位不同，分上、中、下三部分选药。比如瘀血在上，用“通窍活血汤”，主治头面、五官等部位的血瘀；瘀血在中，用“血府逐瘀汤”，主治胸中瘀阻、胸痹心痛；瘀血在下，用“膈下逐瘀汤”，治疗腹部瘀血、久泻等病。这三首方剂虽然都以活血化瘀为主，但由于配伍不同，各有所长，能直达病所。他的这种分位用药思想，体现了极强的辨证意识，也显示出中医治疗“因地制宜”的灵活精神。
除了气滞引起的血瘀，王清任还注意到“气虚也能致瘀”。他认为气是推动血运行的力量，气虚则血行无力，血易停滞。他提出著名的“补阳还五汤”，就是补气活血并用的代表方。方中重用黄芪，补气生阳，使元气充足，从而带动血行。王清任指出，如果只补气不活血，反而可能使瘀血更重；若只活血不补气，又会损伤正气。因此必须“补气为主，活血为辅”，让气行带血行，标本兼治。这种思路，不仅突破了古人“治血不及气”的局限，也为后世气虚血瘀类疾病提供了经典范例。
王清任还强调“辨证求因，知常达变”。
他认为导致血瘀的原因复杂多样，不能一概而论，要找到病因再施方。如因气郁血滞、痰湿阻络的癫狂证，他创立“癫狂梦醒汤”，在活血化瘀的基础上加用半夏、苏子化痰，柴胡、香附疏肝解郁；又如妇人冲任虚寒、瘀血阻滞所致痛经、不孕，他创“少腹逐瘀汤”，用温经散寒药如炮姜、小茴香、官桂配合活血药，使寒散瘀去。对风湿痹阻、血瘀日久的病症，则用“身痛逐瘀汤”，加入祛风除湿之品，如秦艽、羌活。可以看到，他治疗讲究活血为主，又因病加减，灵活变通。
王清任的活血化瘀理论以气血为核心，以通为要，以补为辅，贯穿“调气、行血、温经、祛瘀”的原则。他善于从整体出发，注重辨证施治，根据病位、病因、体质灵活用药，不拘一格。他的活血化瘀方剂不仅在清代被广泛应用，至今仍被许多临床医家采用，用于中风后遗症、心脑血管病、痛经、闭经、跌打损伤等多种疾病。可以说，他以气血理论为根，以通瘀活血为法，开创了中医治疗瘀血证的新篇章，真正做到了“化瘀而不伤正，补气而能行血”，使中医活血化瘀之道更趋完善。